Miután az irodát felrobbantják és Tom meghal, Sydney, Jack és Vaughn megpróbálják megakadályozni, hogy Sloane az összes Rambaldi műtárgy birtokában végrehajtsa a próféciát.

Sloane elrabolja Rachelt és Marshallt, hogy segítsenek neki megtalálni a hiányzó információt, melynek segítségével Sloane végrehajthatja a próféciát.

Sydney Anna Espinosának kiadva magát együtt dolgozik Sarkkal, hogy egy olasz börtönből megszerezzék Rambaldi Rózsa néven ismert műtárgyát, mellyel a kézirat 47. oldalának próféciája valóra válhat.

Nadia halála után Sloane az Ötödik Prófétához szegődik, feladata Rambaldi kéziratának megfejtése.

Miközben Sydney és az iroda igyekszik megtudni mindent az Ötödik Próféta terveiről, Sloane megkapja az ellenszérumot a titkos társaságtól, hogy visszahozhassa Nadiát a kómából.

Egy hónappal később Sydney kénytelen visszatérni, ugyanis újra színre lépett régi ellensége, Anna Espinosa.

Sydney meglepődik, amikor anyja, Irina Derevko megjelenik otthonában, és azt állítja, hogy a nyomában van az Ötödik Próféta, melynek célja megszerezni a Horizontot.

Sydney leüti Peytont és kijátssza az őröket, de nem tud elmenekülni, ugyanis egy hajó fedélzetén van az óceán közepén.

Peyton a CIA titkos raktárából ellopja Michael Vaughn aktáját.

Rachelnek egy mikrohullámú bomba eladásáról kell információt szereznie, ezért Sao Paoló-ba utazik, hogy a bomba tervezőjének gépére csatlakozva az irodát tájékoztassa a készülő üzletről.

Mikor az orvosok szerint Nadia felépülésére már nincs remény, Sloane úgy dönt, elárulja Deant, mert nincs mit veszítenie.

Sydney, Dixon és Tom sikeresen beszivárognak a kínai konzulátus partijára, ahol Sydneynek a tábornok széfjéből kell megszereznie egy magyar fegyvertervező, bizonyos Vak János adatait.

Egy gyilkos vírust elrabolnak egy törökországi kutatólaboratóriumból. A nyomok Prágába vezetnek.

Négy hónappal azután, hogy Dean és Curtis megölték Vaughnt, Sydney összeáll Renée Rienne-nel, egy francia szabadúszó bérgyilkossal, hogy felderítsék az Ötödik Prófétához vezető szálakat.

Sydney, miután megtudja, hogy a szerelmét azzal gyanúsítják, hogy kettős ügynökként egy titkos csoportnak, az Ötödik Prófétának dolgozott, egy pillanatra elbizonytalanodik, de hisz Michael ártatlanságában.

Sydney és Tom Marseilles-be utaznak, ahol rájönnek, hogy Renée ellopta a konténert, melyben állítólagos apja lefagyasztott testét tárolták.

Dixon és Tom feladata, hogy Dean szervezetét megfosszák minden anyagi forrástól, ezért a Kajmán-szigetekre utaznak, hogy a terrorszervezet számlájáról minden pénzt átutaljanak.